Guide pour la préparation d'échantillons et soumission pour analyse par LC-MS/MS

Ce qui suit sont des directives générales pour la préparation et la soumission des échantillons avant l'analyse LC-MS/MS.Les clients sont fortement encouragés à suivre ces instructions afin de garantir une analyse et une détection réussies de leurs protéines d'intérêt.

Pour plus d'informations, veuillez contacter directement le CAPA.

• Quantité minimale de matériel de départ:

  Les quantités suivantes de matériel de départ servent de guide en fonction du médium de culture:

  Type d'échantillon	Qte requise
  Gel 2D	400 µg.
  SDS-PAGE	40 µg.
  IP	50 fmol.
  En-solution	50 fmol.

• Détergents et surfactants:

  Bien que ces réactifs soient efficaces pour solubiliser vos protéines, leur présence dans l'échantillon a des effets néfastes sur la colonne HPLC et le signal d'électrospray. Les réactifs tels que SDS, Tween, NP-40 et Triton-X ne sont pas compatibles avec l'analyse LC-MS/MS, même en très faibles quantités (0,01 % (v/v) du volume total de l'échantillon). Leur retrait avant analyse est nécessaire ; cela peut être accompli par SDS-PAGE ou une autre séparation chromatographique (par exemple SPE, HPLC).

• Gels 1D

  Veuillez exciser vos bandes de gels et les fournir au laboratoire dans un tube Eppendorf sans aucun liquide ni tampon ajouté. Il est recommandé de placer une bande excisée par tube ; plusieurs bandes par tube pourraient réduire l'efficacité de la digestion des protéines et de l'extraction des peptides.

• Immuno-précipitation (IP)

  Si l'élution des protéines de votre anticorps n'est pas possible, nous vous recommandons d'effectuer une séparation SDS-PAGE pour éliminer les fragments d'anticorps de votre échantillon. Un excès d'anticorps digéré interférera dans la détection de votre protéine d'intérêt lors de l'analyse LC-MS/MS.

• Enrichissement de phosphopeptides à grande échelle:

  La quantité minimale de matière première protéique est de 250 µg. Veuillez effectuer une lyse cellulaire et déterminer la teneur en protéines de votre échantillon avant de soumettre l'échantillon.

• Mutations et variants

  Si votre protéine contient des mutations, veuillez nous fournir la séquence complète en acides aminés.

• Digestion protéique:

  L'enzyme que nous utilisons généralement pour la digestion est la trypsine (modifiée, de qualité séquençage); cela générera des peptides clivés à l'extrémité C-terminale de la lysine et de l'arginine. Veuillez d'abord vous renseigner si une enzyme différente est nécessaire pour digérer votre échantillon de protéines. Un coût supplémentaire peut être inclus dans le prix si une autre enzyme est nécessaire pour la digestion.